在中国水果产业发展40年的过程中，有很多教训和存在的问题，需要去反思、规避、改进。中国工程院院士、副院长邓秀新列举了我国水果产业问题的表象，并针对这些问题表现寻根溯源，从客观上和主观上两个方面分析问题产生的原因，以及在今后发展中需要注意的事项。
水果产业8大问题
主要的问题表现在八个方面。
第一、水果国际竞争优势在淡出而不是增强，鲜果国际贸易额开始出现逆差。
第二、单位面积效益逐年下降。 在宜昌，过去（70年代）种一亩柑橘相当于2年的工资，现在种一亩柑橘也就2000来块钱，1个月的工资都不到。
第三、虽然水果种类更加多样化了，但是品种却单一化，例如苹果，三分之二的产量都是富士这一个品种， 吃来吃去都是一个味道。
第四、病虫害危害增加，柑橘的黄龙病、香蕉枯萎病、猕猴桃溃疡病、梨子的枯梢病还有小食蝇等等。
第五、劳动力老化，劳动力素质整体下降。
第六、水果种业更加混沌。这里说的是混沌而非混乱，是因为我国的种苗在国家立法层面并没有统到底，种子法允许个人自己繁育和零售苗木，初衷是为了维护农民的利益，但由于个人繁育技术、交易调运监管存在盲区和灰色区域等问题，带来了苗木安全问题，导致危险性病虫害的传播。国家也投入了大量良繁体系建设资金，但由于机制不灵导致多数没有发挥作用。好在一些地方立法又进行了优化，例如广西、江西赣州的地方制定法规对苗木进行管理。因此，各地在发展水果产业中，一定要有苗木的管控办法，既要保证百姓的购苗自主权又要保证种苗的干净安全。
第七、砧木育种滞后。
第八，科技研发、推广体系与生产组织方式不相适应。因此，科研如何更加贴近生产，如何把生产问题转换成科研题目， 值得科技工作者去努力。未来政府资金支持方向也可以适当调整，更加体现问题导向。
水果产业出现问题的4大客观原因
一是大市场与小农户之间的矛盾。中国的水果市场很大，全世界总共8亿多吨的产量，有30%是中国消费的。如此庞大而复杂的市场，小农户力量是无法去了解的，即使有政府的协助和引导，还是有信息不对称，这也导致供需关系和价格波动较大，特别是不耐贮藏运输的水果、蔬菜、花卉等鲜活产品。
另外，种植者、消费者、经营者三者之间有利益矛盾，他们长期以来都是买卖关系，而不是共生互利的关系。在过去的传统发展模式里，谁决定了应该种哪种水果，谁决定了一种水果是可以大发展还是小发展，很多时候不是生产者、不是科研工作者，也不是消费者，而是中间的运营商。
二是产业链较短，园艺产品的加工仍然比较落后。广义的加工，应该包含采后的商品化处理。目前，水果产业在这个环节普遍是短板，多数产品都是未经分级处理就包装上市了，腐烂率较高。冷链的不完善，也造成产品离产地越远品质下降越快。在狭义的加工中，也就是改变产品形态的加工中也存在许多问题，规模化的原料基地建设跟不上加工的需求，品种布局与时间搭配跟不上加工需求，很多厂建在那里只有一两个月的开工时间，其他时间都是闲置，资源浪费。还有一些地方立地条件差和土地价格高，造成加工原料价格很高，产品没有市场竞争力。
